Московский театр «Мастерская П. Н. Фоменко» был основан в июле 1993 года указом Мэра города Москва. Однако сами «фоменки» (как с легкой руки журналистов называют актеров театра не только в Москве, но и во всем мире) ведут отсчет своей биографии с июля 1988 года. Тогда Петр Наумович Фоменко набрал группу студентов в свою учебную мастерскую на режиссерском факультете ГИТИСа (ныне — Российский университет театрального искусства).

Пять лет учебы показали, что люди, которых судьба свела вместе летом 1988 года, могут и умеют творить настоящие театральные чудеса. Созданные в студенческие годы спектакли неоднократно становились призерами различных театральных фестивалей. Так, спектакль «Владимир III степени» по Н. В. Гоголю (режиссер Сергей Женовач) был удостоен первого приза Молодежного жюри на международном фестивале театральных школ «Подиум-91». Спектакль «Приключение» по М. Цветаевой (режиссер Иван Поповски) — премии «Гвоздь сезона» в 1992 году. А спектакль «Волки и овцы» по А. Н. Островскому (режиссер Петр Фоменко) — гран-при на международном театральном фестивале «Контакт» (Польша) в 1993 году.

Выпускники мастерской Фоменко 1993 года составили костяк молодого театра, который еще дважды пополнялся учениками мастера.